RiboMiner进行Ribo-seq的3nt周期性质控

总结在RiboMiner使用，RiboMiner功能太多了，对不上号，总结一下。

1. metaplot

bam文件需要sort并建立index。

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samtools index -@ 10 01.bam/my_file.mapped.sorted.bam;
metaplots -a Ribo_ann/ -r 01.bam/my_file.mapped.sorted.bam -o 02.Periodicity/my_file;

得到的图：

2. periodicity

1	Periodicity -i 01.bam/my_file.mapped.sorted.bam -a Ribo_ann/ -o 02.Periodicity/my_file -c Ribo_anno/longest.transcripts.info.txt -L 25 -R 35;

得到的图：

3. lengthdistribution

1	LengthDistribution -i 01.bam/${i}.mapped.sorted.bam -o 03.ReadLength/${i} -f bam;

得到的图：

4. RiboDensityOfDiffFrames

attributes.txt

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bamFiles    readLengths Offsets bamLegends
./SRR5008134.bam    27,28,29,30 11,12,13,14 si-Ctrl-1
./SRR5008135.bam    27,28,29,30 11,12,13,14 si-Ctrl-2

里面有几个文件，针对每一个文件都会单独产生一个图。

1	RiboDensityOfDiffFrames -f attributes.txt -c Ribo_anno/longest.transcripts.info.txt -o 04.RiboDensityofDiffFrames/ {-S select_trans.txt --id-type transcript-id --plot yes};

得到的每个bam文件的图如下：